Sejarah mencatat relasi islam dan negara berlangsung sejak lama. Akar geneologinya dapat dirunut ketika mula-mula Islam datang ke Indonesia pada abad ke-13 M. Sejak saat itu, Islam melakukan kontak dengan bumi Nusantara dan mencoba memberi pengaruh pada kehidupan sosial, politik, dan agama. Penggunaan terminologi kekuasaan Islam seperrti khalifah dan sulthan oleh sejumlah kerajaan Nusantara menjadi bukti sahih mulai besemainya pengaruh Islam.Penetrasi Islam terus berlanjut dalam realitas dan dinamika politik kebangsaan. Sebelum kemerdekaan, persisnya ketika nasionalisme awal mulai tumbuh, kelompok islam dan nasionalis sekuler bersitegang soal corak nasionalisme. Kalangan Islam yang dipelopori SI menghemdaki potret nasionalisme bernapas islam, karena Islam agama mayoritas.